Arcjurassien.org  (ex Conférence TransJurassienne) est l'organe pivot de la coopération dans l'Arc jurassien franco-suisse qui réunit :

• Les cantons de Berne, du Jura, de Neuchâtel et de Vaud, réunis au sein d'arcjurassien.ch. 
• La Région Bourgogne-Franche-Comté.
• La Préfecture de région Bourgogne-Franche-Comté.

Du fait de la diversité des acteurs territoriaux, de la multiplicité des jeux d’acteurs et de l’apparition de modes de travail plus collaboratifs, la gouvernance territoriale évolue vers des dispositifs partenariaux plus imbriqués.

Cette stratégie de coopération multi-scalaire passe par l’intégration de différentes échelles de territoires et une plus grande diversité d’acteurs, essentielles  pour répondre aux enjeux de développement de l’Arc jurassien.

La gouvernance d'Arcjurassien.org, participative et ouverte aux acteurs publics, s’appuie notamment sur :

• Le Bureau, organe exécutif d'Arcjurassien.org 
• Le Conseil des territoires transfrontaliers, plateforme de dialogue et de concertation des élus des territoires de l'Arc jurassien 
• Le Groupe d'appui des territoires de l'Arc jurassien, organe technique consultatif
• Le Secrétariat général, cheville ouvrière