La frontière entre l’Union Européenne et la Suisse ne ressemble à aucune autre.  C'est une frontière extérieure juridiquement, mais située toute entière à l’intérieur de l’Union Européenne. Les zones transfrontalières entre l'UE et la Suisse concernent 18 cantons suisses, c’est-à-dire 80% du territoire helvétique et 11 Régions européennes. La France et la Suisse partagent près de 600 km de frontière commune, dont 230 dans l'Arc jurassien, de Belfort à la Vallée de Joux et de Saint-Claude à Delémont.

La Suisse est le pays avec lequel la France entretient la coopération institutionnelle concrète la plus intense. L'Accord de Karlsruhe signé entre la France, le Luxembourg, l'Allemagne et la Suisse, qui a pour objet de faciliter et promouvoir la coopération transfrontalière entre les collectivités territoriales et les organismes publics locaux de chaque pays, permet aux institutions d'intervenir selon diverses modalités dans leurs champs de compétences.

A l'échelle de l'Arc jurassien, la coopération est incarnée par Arcjurassien.org, qui prend la suite de la Conférence TransJurassienne (CTJ), et poursuit le déploiement de la Stratégie de coopération transfrontalière de l'Arc jurassien.

Arcjurassien.org réunit les cantons de Berne, du Jura, de Neuchâtel et de Vaud, la Région Bourgogne-Franche-Comté et la Préfecture de région Bourgogne-Franche-Comté.

La transversalité de l'engagement de la CTJ témoigne de la volonté partagée des entités structurant le territoire transfrontalier à travailler ensemble pour un développement harmonieux de l'Arc jurassien. Ce travail partenarial se heurte à certaines difficultés, l'objet de la coopération étant de les surpasser.

Plus de 130 000 Français viennent travailler chaque jour en Suisse. Près de 40 000 d'entre eux vivent et travaillent dans l'Arc jurassien. Cette réalité transfrontalière est génératrice d'enjeux, notamment en termes d'aménagement du territoire. La coopération permet de travailler en partenariat à la réalisation conjointe de projets structurants ou plus ponctuels à l'échelle d'un territoire frontalier.

De nombreux exemples concrets de coopération réussie témoignent de l'intensité des coopérations et prouvent que la culture de dialogue fonctionne.  Entre la France et la Suisse, la coopération s'est notablement développée entre les années 1960 et 1980, sur la base d'accords intergouvernementaux portant sur des problèmes de voisinage. De nouvelles formes de coopération locale et régionale sont apparues à partir de 1980 afin de renforcer l'échange réciproque d'informations et la concertation entre les autorités compétentes de part et d'autre de la frontière.