Version technique du Conseil des territoires politique, cette instance de concertation réunit les services :

• des trois Départements français : Doubs, Jura et Territoire de Belfort
• des quatre cantons suisses : Berne, Jura, Neuchâtel et Vaud
• des institutions des territoires de coopération de l'Arc jurassien franco-suisse (intercommunalités, parcs naturels, pays, communes et régions suisses)

Le Groupe d'appui, par le jeu des synergies entre les différents échelons et les acteurs qui le composent, permet de favoriser les échanges entre les territoires. Ses travaux contribuent à alimenter les réunions politiques d'Arcjurassien.org, sous la forme de propositions ou de points d’alerte issus des observations de terrain. Le Groupe d'appui peut également émettre un avis sur la faisabilité technique de propositions issues du Bureau. Enfin, il est un relais et un appui pour le Secrétariat général. Des personnalités qualifiées peuvent être associées de manière occasionnelle, selon les sujets abordés et l’expertise recherchée.