Pour mieux soutenir les coopérations de proximité, Arcjurassien.org anime le "Fonds de soutien aux petits projets transfrontaliers" (FPPT), à destination des acteurs du monde associatif et scolaire, des collectivités, et acteurs porteurs d'initiatives dans le domaine du "vivre-ensemble transfrontalier " dans l'Arc jurassien. 

Grâce à une procédure simplifiée, le FPPT est un appui accessible et adapté aux projets transfrontaliers locaux, qui ont pour but de développer les échanges entre citoyens, valoriser la diversité de l'offre associative, faire de l'offre culturelle un vecteur d'appartenance et d'identité,  ou améliorer la connaissance réciproque dans la population et les institutions. 

Le FPPT a soutenu plus de 100 projets de coopération de proximité depuis 2017.