Pour mieux soutenir les coopérations de proximité, Arcjurassien.org (anciennement Conférence TransJurassienne) a créé en 2017 un "Fonds de soutien aux petits projets transfrontaliers" (FPPT), à destination des acteurs du monde associatif et scolaire, des collectivités et acteurs du vivre-ensemble de l'Arc jurassien.

Cette aide est proposée aux initiateurs de coopérations locales, dans le domaine du "vivre-ensemble transfrontalier" : projets associatifs, culturels, musicaux, sportifs, éducatifs, solidaires.

Grâce à une procédure simplifiée, le FPPT est un appui accessible et adapté aux projets transfrontaliers locaux, qui ont pour but de développer les échanges entre citoyens, valoriser la diversité de l'offre associative, faire de l'offre culturelle un vecteur d'appartenance et d'identité,  ou améliorer la connaissance réciproque dans la population et les institutions.