Cette instance de concertation réunit  :

• 3 conseils départementaux français : Doubs, Jura et Territoire de Belfort
• 4 cantons suisses : Berne, Jura, Neuchâtel et Vaud
• et les 4 territoires de coopération de l'Arc jurassien franco-suisse

Côté français, la société civile est également représentée par le Conseil économique, social et environnemental régional (CESER). Des personnalités qualifiées peuvent être associées de manière occasionnelle, selon les sujets abordés et l’expertise recherchée.

Le CTT, par le jeu des synergies entre les différents échelons et les acteurs qui le composent, permet de favoriser les échanges entre les territoires. Ses travaux contribuent à alimenter les réunions du Bureau élargi, sous la forme de propositions ou de points d’alerte issus des observations de terrain. Le CTT peut également émettre un avis sur la faisabilité technique de propositions issues du Bureau. Enfin, il est un relais et un appui pour le Secrétariat général.